Stadtpfarrkirche St. Johannes Baptist

Die dreischiffige Stadtpfarrkirche St. Johannes Baptist wurde nach dem großen Stadtbrand von 1388 im Stil der Spätgotik wieder aufgebaut und 1409 fertiggestellt. Gut zwei Jahrzehnte nach dem Dreißigjährigen Krieg (1618 bis 1648) wurde das Kircheninnere um 1670 barock umgestaltet.

Das Gewölbe im Kirchenschiff wurde großzügig umgestaltet und Stuckateurmeister Matthias Schmuzer verschönerte das Hauptschiff mit Stuckdekor. 1672 ließ man einen neuen, in München gefertigten Hochaltar aufstellen und man ersetzte in den Folgejahren die Seitenaltäre. Im Laufe des 18. Jahrhunderts fertigten namhafte Augsburger und Münchner Goldschmiede Geräte und Schmuck der Inneneinrichtung.

Ein heftiger Blitzschlag setzte im Jahr 1768 den Kirchturm in Brand. Die Kirchturmspitze brannte aus und fünf Glocken schmolzen. Daraufhin genehmigte Kurfürst Maximilian III. Joseph eine Sammlung von Geldern aus mildtätigen Stiftungen der bayerischen Städte und Märkte zur Unterstützung der mittellosen Pfarrei Pfaffenhofen. Mit dieser Hilfe konnte der Turm noch im selben Jahr wieder aufgebaut werden.

1798 wurde der unmittelbar bei der Kirche gelegene Friedhof aus der Stadt nach Altenstadt (nördlich des heutigen Stadtzentrums) verlegt, was zu heftigen Protesten seitens der Bevölkerung führte.

Im Jahre 1888 errichtete man am Fuße des Kirchturms eine Mariengrotte als Ort der Besinnung, inspiriert durch die berühmte Grotte von Lourdes und gestaltet durch den Landschaftsplastiker und Bühnenbildner August Dirigl. Jener Dirigl gestaltete auf Erlass von König Ludwig II. von Bayern auch die Venusgrotte auf Schloss Linderhof bei Ettal.

Im Jahr 1913 veranlasste Stadtpfarrer und Ehrenbürger Dr. Kohnle wegen des Bevölkerungswachstums in Pfaffenhofen eine Verlängerung der Stadtpfarrkirche um zwei Joch nach Westen. Ein Joch ist ein altes architektonisches Längenmaß und beschreibt den Achsabstand zwischen zwei Säulen oder Pfeilern, gemessen von einem Säulenmittelpunkt zum nächsten. Insgesamt misst das zentrale Langhaus der Stadtpfarrkirche jetzt sieben Joch, der Chor ist einschiffig, nicht eingezogen und nicht durch einen Chorbogen gegen das Mittelschiff abgegrenzt. Der Kirchturm ist 78 Meter hoch.

1976 bekam die Stadtpfarrkirche eine neue Orgel, die aus der Orgelbaufirma Sandtner in Dillingen stammt. Die Orgel mit drei Manualen und Pedal mit 2.785 Zinn- und Holzpfeifen ist aus Eichenholz gefertigt, mit Golddekor verziert und mit den Statuen des Diözesanheiligen St. Ulrich und des Kirchenpatrons St. Johannes geschmückt. 

Die große Sandtner-Orgel in der Stadtpfarrkirche St. Johannes Baptist